Με τον θάνατο του πατέρα της, την περίοδο (1224 – 1230), τη Θεοδώρα ανέλαβε υπό την προστασία του ο Δεσπότης της Ηπείρου Θεόδωρος Κομνηνός Δούκας.
Ο Μιχαήλ Β΄ περνώντας από τα Σέρβια, όπου ζούσε η Θεοδώρα, εντυπωσιάστηκε από την ομορφιά της και την παντρεύτηκε αμέσως μετά την άνοδο του στο Δεσποτάτο.
Η Θεοδώρα, φύση ιδιαίτερα ευαίσθητη και αφιερωμένη στο Θεό δεν μπορεί να ακολουθήσει τους κοσμικούς ρυθμούς ζωής του συζύγου της και γίνεται όλο και περισσότερο υπόδειγμα αφιερωμένης και φιλάνθρωπης βασίλισσας.
Ο Μιχαήλ την εγκατέλειψε παρά την πρόωρη εγκυμοσύνη της που είχε σαν αποτέλεσμα να γεννηθεί γρήγορα ο διάδοχος του Νικηφόρος και άρχισε να ζει με τις ερωμένες, μια από αυτές ήταν η Αρτινή αρχόντισσα Γαγγρινή την οποία μετέφερε στα ανάκτορα.
Η Θεοδώρα δεν μπόρεσε να αντέξει την ντροπή και αυτοεξορίστηκε, έζησε πέντε χρόνια κάτω από άθλιες συνθήκες και φτώχεια σαν απλή χωρική μονάχα από τα αγαθά που μπορούσε να της προσφέρει η φύση. Σε αυτή την κατάσταση και ενώ συνέλεγε χόρτα την βρήκε ο ιερέας του χωριού Πρένιστα, στο σημερινό Κορφοβούνι Άρτας, την λεπτομέρεια αναφέρει αναλυτικά ο βιογράφος της Ιώβ που την περιγράφει σαν «λαχανευομένη».
Η Θεοδώρα αποκάλυψε στον ιερέα την ταυτότητα της, ο ιερέας την πήρε μαζί του και έζησε υπό την προστασία του το υπόλοιπο διάστημα της εξορίας.
Ο λαός της Άρτας με επικεφαλής τους άρχοντες του, αγανακτισμένος από την συμπεριφορά του Μιχαήλ εξεγέρθηκε. Ο Μιχαήλ Β΄ αναγκάστηκε να διώξει την Γαγγρινή από τα ανάκτορα και να ζητήσει από την Θεοδώρα να επανέλθει. Από τότε έζησαν μαζί μέχρι το τέλος της ζωής τους.
Στην πόλη της Άρτας υπάρχει ο περιώνυμος ναός της Αγίας Θεοδώρας και κάθε χρόνο στην εορτή της γίνεται Λιτάνευση των Ιερών Λειψάνων και της Εικόνας της Αγίας Θεοδώρας, με συμμετοχή πλήθους πιστών.
