Τα τουρκικά στρατεύματα εισήλθαν στη Σμύρνη το πρωί της 27ης Αυγούστου 1922. Οι πρώτοι που εισήλθαν ήταν ντυμένοι στα μαύρα, φορούσαν μαύρα φέσια με κόκκινο μισοφέγγαρο και άστρο, ήταν έφιπποι και έφεραν μακριά γιαταγάνια. Με σηκωμένο το ένα χέρι, φώναζαν στους κατοίκους να μη φοβούνται. Αλλά οι κάτοικοι της Σμύρνης, γνωρίζοντας τη φήμη των Τούρκων, ήταν κατατρομοκρατημένοι. Όλο το πρωί τα τουρκικά στρατεύματα παρέλαυναν στην πόλη και, γύρω στις 15.00 το απόγευμα εκείνου του Σαββάτου, άρχισαν τις λεηλασίες, τους βιασμούς και τους φόνους, που δεν είναι δυνατό να περιγραφούν με λέξεις.
Ο στρατηγός Νουρεντίν Πασάς διορίσθηκε ως στρατιωτικός διοικητής της Σμύρνης. Μαζί με δύο στρατιώτες πήγε στη Μητρόπολη της Αγίας Φωτεινής και ζήτησε από τον Μητροπολίτη Χρυσόστομο να τον ακολουθήσει. Είχε προηγηθεί η αποστολή δύο Γάλλων στρατιωτών στον Χρυσόστομο με πρωτοβουλία ενός Ιταλού καθολικού ιερέα, για να τον συνοδεύσουν στο Γαλλικό Προξενείο όπου θα έβρισκε άσυλο. Ο Χρυσόστομος απέρριψε την πρόταση δηλώνοντας πως οφείλει να παραμείνει στο πλευρό του ποιμνίου του.
Ο Νουρεντίν Πασάς τον οδήγησε στην πλατεία Διοικητηρίου μαζί με δύο άλλους επιφανείς Έλληνες της πόλης, τον προεστό Γεώργιο Κλιμάνογλου και τον νομικό Νικόλαο Τσουρουκτσόγλου. Εκεί, διέταξε την άμεση εκτέλεση των δύο τελευταίων και ανέβηκε στο μπαλκόνι του Διοικητηρίου. Απευθύνθηκε στο πλήθος των περίπου 1.500 Τούρκων δείχνοντας τον Μητροπολίτη Χρυσόστομο και λέγοντάς τους, «Αν σας έκανε 
καλό, να του το ανταποδώσετε. Αν κακό σας έκανε, κάντε του και σεις κακό! Εγώ σας παραδίδω τον χιρσίζ ντομούζ (κλεφτογούρουνο)»’. Οι Τούρκοι άρχισαν να τον πλακώνουν με λοστούς και ξύλα. Του ξερίζωσαν τη γενειάδα και τον οδήγησαν μέχρι τον τουρκικό μαχαλά όπου τον μαχαίρωσαν, του έκοψαν τη μύτη και τα αυτιά, του έβγαλαν τα μάτια και τον αποτελείωσαν με δύο σφαίρες στο κεφάλι. Το 1992, η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδας ανακήρυξε τον Χρυσόστομο, Άγιο. Εορτάζεται και τιμάται στις 27 Αυγούστου.
Συγχρόνως, στο προάστιο του Μπουρνόβα οι κάτοικοι με επικεφαλής τον Παναγιώτη Ξερό πολέμησαν κατά των τσετών και η μάχη διήρκησε όλη τη νύχτα. Καθώς ήταν αριθμητικά πολλοί λιγότεροι έχασαν τη μάχη και το πρωί όσοι κάτοικοι δεν πρόλαβαν να ξεφύγουν, εκτελέστηκαν. Στο προάστιο του Μπουτζά συνέβησαν παρόμοιες θηριωδίες. Οι άντρες εκτελέστηκαν και περίπου διακόσια γυναικόπαιδα κλείστηκαν στο ορφανοτροφείο για να προστατευθούν. Ο Αμερικανός καθηγητής του Κολλεγίου ”Παράδεισος” της Σμύρνης ανέφερε πως όλες οι γυναίκες και τα παιδιά στο ορφανοτροφείο σφαγιάσθηκαν. Επίσης, ο Ρουμάνος πρόξενος αποκάλυψε πως οι Τούρκοι συνέλαβαν έναν Έλληνα ιερέα, του αφαίρεσαν τα μάτια και τον σταύρωσαν.
«Προς τον Διοικητή των Κεντρικών Δυνάμεων. Σας εφιστώ την προσοχή προς τα εξής: Θάνατος στους Έλληνες που απώλεσαν την τιμή τους. Μόλις δοθεί το πρώτο σήμα, αμέσως, εξολοθρεύστε τους πάντες. Όσον αφορά τις γυναίκες μη διστάσετε. Μην υπολογίσετε, ούτε την τιμή, ούτε την φιλία, όταν έρθει η στιγμή της εκδίκησης. Ο Διοικητής των δυνάμεων. Μεχμέτ Αζίζ.»
Αυτή ήταν η διαταγή του Διοικητού των τουρκικών δυνάμεων Μεχμές Αζιζ,άρχισαν με την οποία άρχισαν οι σφαγές. Οι Τούρκοι στρατιώτες απέκλεισαν όλες τις οδούς επικοινωνίας της συνοικίας με το υπόλοιπο τμήμα της πόλης. Ο πρόξενος των ΗΠΑ στη Σμύρνη George Horton, έγραψε ”Οι δρόμοι, που οδηγούσαν στην αρμένικη συνοικία, φυλάγονταν από Τούρκους στρατιώτες. Όσο διήρκησε η σφαγή, δεν επετράπη σε κανέναν η είσοδος. Οι συγκλονιστικότερες στιγμές της τραγωδίας εκτυλίχθηκαν στον καθεδρικό ναό του Αγίου Στεφάνου, όπου είχαν καταφύγει περισσότεροι από 4.000 άνθρωποι. Οι Τούρκοι ζήτησαν από τους εγκλείστους να εξέλθουν και να παραδοθούν, οι δε Αρμένιοι, γνωρίζοντας, τι τους περίμενε, αρνήθηκαν. Δέχθηκαν τότε πυρά και χειροβομβίδες, ενώ στη συνέχεια οι Τούρκοι εισέβαλαν στον περίβολο και εντός του ναού, κατασφάζοντας και εκτελώντας. Όσοι επέζησαν, οδηγούντο, ανά 100 άτομα, στην πλατεία Διοικητηρίου, όπου και δολοφονούντο εν ψυχρώ από τα τουρκικά εκτελεστικά αποσπάσματα”.
Σε αντίθεση με τον Μητροπολίτη Χρυσόστομο ο Αρμένιος Επίσκοπος Γεβόντ Τουριάν αναζήτησε άσυλο σε ένα καθολικό εκκλησιαστικό ίδρυμα και κρυφά έφυγε για τις ΗΠΑ όπου και δολοφονήθηκε από συμπατριώτες του Αρμένιους, κατηγορούμενος για προδοσία.
Οι Αρμένιοι και οι Έλληνες άντρες από 15 μέχρι και 45 ετών οδηγήθηκαν στα τάγματα εργασίας (αμελέ ταμπουρού) που βρήκαν τραγικό θάνατο από την εξουθενωτική εργασία και τις ταλαιπωρίες. Περίπου 160.000 άντρες δεν γύρισαν ποτέ.
Τα βάσανα των μη μουσουλμάνων δεν είχαν τελειωμό. Όλη η Σμύρνη καλύφθηκε από τις στριγκλιές και τα ουρλιαχτά των γυναικών που βιάσθηκαν, οι Ευρωπαίοι μάρτυρες διέκριναν ακέφαλα βρέφη στους δρόμους της αρμένικης συνοικίας, ολόκληρες οικογένειες εκτελέσθηκαν εν ψυχρώ ενώ από τη μανία των Τούρκων δεν γλίτωσαν ούτε οι Γαλλίδες νοσοκόμες του Ερυθρού Σταυρού και οι καθολικές αδελφές του Τάγματος του Ελέους που σφαγιάσθηκαν εν ώρα καθήκοντος. Ο ευαγγελιστής ιερέας πατήρ Μαλτάς εκτελέσθηκε και ο πρόεδρος του Αμερικανικού Κολεγίου Αλεξ Μακ Λάχλαν υπέστη βασανιστήρια μέχρι θανάτου.
Ο Διεθνής Ερυθρός Σταυρός έστειλε αντιπροσωπεία στον Μουσταφά Κεμάλ ώστε να συγκαταθέσει στην εκκένωση της Σμύρνης. Κατόπιν ασφυκτικών πιέσεων ο Κεμάλ Ατατούρκ επέτρεψε σε ελληνικά και άλλα πλοία να μπουν στο λιμάνι της Σμύρνης. Η εκκένωση άρχισε στις 11 Σεπτεμβρίου και διήρκησε μια εβδομάδα. Στις 13 Σεπτεμβρίου 19 πλοία μπήκαν στη Σμύρνη να σώσουν τον κόσμο. Συνολικά 300.000 πρόσφυγες πέρασαν στην Ελλάδα.