Με τον θάνατο του πατέρα της, την περίοδο (1224 – 1230), τη Θεοδώρα ανέλαβε υπό την προστασία του ο Δεσπότης της Ηπείρου Θεόδωρος Κομνηνός Δούκας.
Ο Μιχαήλ Β΄ περνώντας από τα Σέρβια, όπου ζούσε η Θεοδώρα, εντυπωσιάστηκε από την ομορφιά της και την παντρεύτηκε αμέσως μετά την άνοδο του στο Δεσποτάτο.
Η Θεοδώρα, φύση ιδιαίτερα ευαίσθητη και αφιερωμένη στο Θεό δεν μπορεί να ακολουθήσει τους κοσμικούς ρυθμούς ζωής του συζύγου της και γίνεται όλο και περισσότερο υπόδειγμα αφιερωμένης και φιλάνθρωπης βασίλισσας.
Ο Μιχαήλ την εγκατέλειψε παρά την πρόωρη εγκυμοσύνη της που είχε σαν αποτέλεσμα να γεννηθεί γρήγορα ο διάδοχος του Νικηφόρος και άρχισε να ζει με τις ερωμένες, μια από αυτές ήταν η Αρτινή αρχόντισσα Γαγγρινή την οποία μετέφερε στα ανάκτορα.
Η Θεοδώρα δεν μπόρεσε να αντέξει την ντροπή και αυτοεξορίστηκε, έζησε πέντε χρόνια κάτω από άθλιες συνθήκες και φτώχεια σαν απλή χωρική μονάχα από τα αγαθά που μπορούσε να της προσφέρει η φύση. Σε αυτή την κατάσταση και ενώ συνέλεγε χόρτα την βρήκε ο ιερέας του χωριού Πρένιστα, στο σημερινό Κορφοβούνι Άρτας, την λεπτομέρεια αναφέρει αναλυτικά ο βιογράφος της Ιώβ που την περιγράφει σαν «λαχανευομένη».
Η Θεοδώρα αποκάλυψε στον ιερέα την ταυτότητα της, ο ιερέας την πήρε μαζί του και έζησε υπό την προστασία του το υπόλοιπο διάστημα της εξορίας.
Ο λαός της Άρτας με επικεφαλής τους άρχοντες του, αγανακτισμένος από τη συμπεριφορά του Μιχαήλ εξεγέρθηκε, ο Μιχαήλ Β΄ αναγκάστηκε να διώξει την Γαγγρινή από τα ανάκτορα και να ζητήσει από την Θεοδώρα να επανέλθει, από τότε έζησαν μαζί μέχρι το τέλος της ζωής τους.